最近，在调查农产品的地理标志内容时，我发现国家质量监督检验检疫总局正在处理地理标志保护，国家工商行政管理总局商标局正在处理地理标志注册，并且农业部正在处理农产品的地理标志保护..我很困扰.你能回答吗？地理标志注册如何处理？与其他两个部门有什么区别？
目前商标法明确将地理标志纳入商标法律保护体系，在我国建立基于商标法的地理标志保护法律体系。作为商标注册和管理的主管机构，国家工商行政管理总局商标局在注册地理标志时依照法律，法规的规定履行职责。按照有关规定商标法和商标法实施细则，可以将地理标志注册为证明商标或集体商标以进行保护。申请人应当首先向国家工商行政管理总局商标局提出地理标志证明商标或者地理标志集体商标注册申请.商标局进行实质审查后，应当对符合要求的地理标志证明商标或者地理标志集体商标进行初步审查，并予以公告.如果该期限届满无异议，应进行注册。
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